Sin embargo, la Contraloría General de la República no pudo fiscalizar si la ayuda destinada por la Cooperación Internacional a la reconstrucción fue efectivamente remitida al FORSUR, ya que no contó con presupuesto ni funcionarios suficientes para supervisar.
Según un informe congresal al que tuvo acceso la CNR, se dispone que la Contraloría inicie investigaciones a las municipalidades provinciales de Cañete, Chincha, Ica y Pisco, al Gobierno Regional de Huancavelica y a las empresas municipales de agua potable, entre otras unidades ejecutoras de proyectos del FORSUR.
Desde su creación, el 28 de agosto de 2007, el FORSUR ha aprobado 462 proyectos y quedan en espera casi 300. Pero si bien el FORSUR prioriza y evalúa los proyectos pero no los ejecuta, el informe preliminar de la Comisión de Presupuesto del Congreso obtenido por CNR denuncia que el Directorio del FORSUR ha actuado «informalmente» en lo que concierne a la aprobación de los proyectos.
